故事簡介

工藤新一，原本是一位頗具名聲的高中生偵探，有一次和青梅竹馬毛利蘭到遊樂園玩，在目擊黑衣組織的地下交易後，準備追蹤時卻被黑衣人Gin（琴酒）襲昏，並被灌下代號為
「APTX4869」（アポトキシン4869）的不明藥物。後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學時期的模樣，從此他化名為江戶川柯南，在好友阿笠博士的建議下，寄住在青梅竹馬毛利蘭的蹩腳偵探父親毛利小五郎家中，繼續秘密從事追查黑暗組織的工作，並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來新一的樣貌。同時柯南也憑著自己的推理天份，配合阿笠博士為他發明的各種道具，幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。