紅與黑的碰撞

故事中最引人入勝的莫過"紅與黑的碰撞"了！這是柯南劇情中具連貫性的故事線路之一，敘述柯南與FBI等成員合作共同面對黑暗組織的侵襲。目前有開始，血緣，絕叫，冥土，昏睡，侵入，覺醒，擾亂，偽裝，遺言，嫌疑，潔白，決死，殉職等篇。故事起源於一名多重身分的人－水無怜奈(是主播員又是黑衣組織的團員－基爾，同時還是ＣIＡ調查員，實際上是在調查黑衣組織，並且是本堂瑛佑的姊姊，本名本堂瑛海)的委託，在一連串的巧合與機緣下，與陰冷的黑暗組織遙相對峙。